Barcoding de ADN
IDENTIFICACIÓN BIOLÓGICA MEDIANTE
CÓDIGOS DE BARRAS DE ADN
Presentación
Este proyecto nacío durante el desarrollo del Proyecto de Innovación, “Identificando especies mediante códigos de barras de ADN”,en el I.E.S Juan Carlos I y coordinado por José María Espinosa Bernal. La financiación corrió a cargo del Centro de Profesores y Recursos, CPR de la Consejería de Educación y Cultura de Murcia. Posteriormente, se elaboró la guía LADA «Como hacer barcodign genético» que está disponible en esta web.
Introducción
¿Qué es el código de barras de ADN?
El código de barras de ADN fue presentado a la comunidad científica en el 2003, cuando el grupo de investigación de Paul Hebert en la Universidad de Guelph publicó un artículo titulado “Identificaciones biológicas a través de código de barras de ADN”. En él se propuso un nuevo sistema de identificación y descubrimiento de especies usando una sección corta de ADN de una región estandarizada del genoma.
Esa secuencia de ADN se puede utilizar para identificar diferentes especies, de la misma manera que un escáner de supermercado utiliza las franjas negras familiares del código de barras UPC para identificar sus compras.
Para animales, algas y hongos se utiliza una porción de un gen mitocondrial el cual codifica para la subunidad 1 de la enzima citocromo-oxidasa, CO1, región alrededor de 648 pares de bases. Para el caso de las plantas no se utiliza este gen, de hecho, son varios. El gen matK de la maturasa K y el gen rbcL, de la enzima ribulosa-1,5-bisfosfato carboxilasa oxigenasa (RuBisCo).
¿Cómo se obtiene un código de barras de ADN?
Para obtener un código de barras de ADN el flujo de trabajo es el siguiente:
- Se toma una muestra del espécimen y se extrae su ADN.
- Se realiza una amplificación de la secuencia concreta que corresponde a su código de barras mediante PCR.
- Comprobaremos mediante una electroforesis que se ha producido dicha amplificación y que corresponde con la banda esperada.
- Purificaremos el resto que ha quedado de amplificación, para eliminar impurezas.
- Enviaremos a secuenciar esa sección, con lo que obtendremos un conjunto de nucleótidos que constituyen la secuencia de código de barras del ADN.
- Una vez que se ha obtenido la secuencia de código de barras de ADN,la subimos a la base de datos de BOLD (Barcode of Life Data Systems). Es una biblioteca de referencia de código de barras de ADN que puede ser utilizada para asignar identidades a especímenes desconocidos. Lo importante de esta base de datos es que una base de datos científica real, aunque tenga un apartado educativo, por lo que los datos que incorporan pasan a incluirse dentro del conocimiento científico global.
Protocolos
Todos los protocolos necesarios los puedes consultar en esta guía LADA, publicada por el INTEF, bajo la cordinación de Antonio Lafuente.